Vrhunac pjesničkoga opusa proturatna, vizionarska poema Jama, napisana 1943. za pjesnikova boravka na partizanskome teritoriju (zbog Kovačićeve pogibije mjestimice nedorađena), objavljena posmrtno 1944. u Italiji. Tema je poeme ratni zločin: temelji se na iskustvu masovnih smaknuća počinjenih na teritoriju Nezavisne Države Hrvatske u prvim godinama rata. Premda u poemi poprište, žrtve i počinitelji nisu imenovani, smatra se da je riječ o ustaškome zlodjelu. U Jami se zločin opisuje sa stajališta žrtve, zarobljenoga seoskoga čovjeka koji je slučajno preživio pokolj te je zajedno s leševima svojih supatnika bačen u jamu. Iz nje se pod okriljem noći izvlači na ledinu, gdje skriven u travi dočekuje protunapad partizana, kojima nasumce kreće ususret te od njih prima njegu. U svojem monologu žrtva trezveno opisuje pojedinačne etape zločina, a zatim grčevitu borbu za opstanak među leševima u jami. Od mučne glavne teme odstupaju sjećanja na mirnodopski seoski život te zaključna scena s partizanima, gdje prevladava osjećaj ponovno probuđene nade i olakšanja.
Poema je struktrirana u deset dijelova označenih rimskim brojkama. Stih je jampski pentametar (jedanaesterac), a strofa sestina s rimovnom shemom ababcc. Od toga odstupa samo ulomak o seoskome životu iz završnoga dijela, gdje se u katrenima s unakrsnom rimom pravilno izmjenjuju trohejski redci. Čvrsta stihovno-strofička organizacija poeme u prividnu je neskladu s izraženim emocionalnim nabojem njezinih sadržaja, ali upravo to pospješuje postupnost i podrobnost u opisu zlodjela, u dočaravanju patnje govornoga subjekta te njihovu poetsku sublimaciju u nadmoć ljepote (svjetlo) nad zločinom (tama), što se smatra glavnom značajkom i vrlinom djela.
U većem je dijelu Jame prepoznatljiv utjecaj Nazorova pjesništva. U pojedinim ulomcima Kovačić je blizak idiličnoj lirici hrvatske moderne (Antun Gustav Matoš, gričani), a od velikih djela svjetske književnosti u poemi je kao svojevrstan prototekst prisutna Božanska komedija Dantea Alighierija.
Jama je važno djelo moderne hrvatske književnosti i hrabar pokušaj da se pojavni oblici radikalnoga zla traže u ideologijama, političkim opcijama i ratnim ciljevima vlastite sredine, a ne samo u djelokrugu kolektiviteta koji naciju ugrožava izvana. Iako je nastala kao angažiran odgovor na aktualne zločine, svojim humanizmom i književnom vrijednošću – visokoestetiziranim, ali nesentimentalnim jezikom te tradicionalnom pjesničkom formom – i danas ostavlja snažan dojam na čitatelja. U socijalističkoj epohi poema se često objavljivala i javno recitirala, imala je odjeka u likovnim umjetnostima (1944. grafička mapa Ede Murtića i Zlatka Price), više je puta uglazbljena (Nikola Hercigonja, Emil Cossetto, Stanko Horvat), a doživjela je i inozemnu recepciju (francuski pjesnik Paul Éluard napisao je pjesmu o Kovačićevu grobu kao predgovor francuskom izdanju 1948, koje je likovno opremio Pablo Picasso). U hrvatskoj kulturi nakon 1990. na recepciju i tumačenje Jame djelovale su revizionističke tendencije (o identitetu počinitelja i žrtve), što se očitovalo i u smanjenju zanimanja za poemu i slabljenju medijske prezentacije.
